シェーンブルンの歴史と基礎となった建築物の起源は、中世まで遡ることができます。14世紀の始めから、この地所全体は「カッターブルグ」と呼ばれており、クロースターノイブルク修道院が所有する荘園に属していました。その後、数世紀の間は、所有者がしばしば変わりました。その中でも最も有力だったのは、ウィーン市長ヘルマン・バイアーでした。1548年、同市長により、構造的な地所の拡大が行われ、領主の邸宅へと改造されました。 

1569年、マクシミリアン2世がこの地所を所有し、ハプスブルク家の領地となり、その際には、住居や噴水、納屋、遊園地、果樹園を含む、大規模な売買契約が結ばれました。その計画では、主要な住居を始め、遊園地、動物園に重点が置かれました。これより数年前に、科学的興味を持った、スペイン荘園で教育を受けた皇帝により、すでにスペイン馬の飼育が導入されており、1572年、ウィーンの宮廷式場馬学校の設立へと発展していきました。後を継いだ皇帝マティアスは、狩猟用としてカッターブルグを使用していました。伝承によると、1612年に行った狩りの旅で、美しい泉（ドイツ語でシェーンブルン）を偶然発見し、この地所にシェーンブルンという名称が与えられたということです。

1637年、フェルディナンド2世が亡くなると、この地所は皇帝の妻で芸術的なセンスを持つ皇后エレオノーラ・フォン・ゴンザーラにより、この地所で公式行事等が活発に行われるようになりました。1642年、皇后が皇帝の居城建設を認めたことで、カッターブルグの残りの地所からシェーンブルンと名付けられた地所への歩行での移動が可能になりました。また同年は、シェーンブルンという名称について、初めて文書で言及されるようになった年でもありました。1683年、トルコ軍の包囲により、多くのウィーンにある建築物やシュタールブルクの宮廷式乗馬学校、皇帝の居城であるシェーンブルンが大きな被害を受けました。皇帝レオポルト1世は、トルコ軍に対して勝利を収めた後、皇位後継者であるヨーゼフのために、シェーンブルンの大規模な改築を実施する決定を下しました。

ローマで教育を受けた建築家ヨハン・ベルンハルト・フィッシャー・フォン・エルハラは、1688年、皇帝のために「シェーンブルンIプロジェクト」と命名された計画を立てました。1693年、最終的には狩り用の宮殿の建設に関する具体的な計画が加えられ、1696年、破壊された離れの跡にある壁の基礎にあたる部分に、その一部が建設されました。側翼の拡張は、1701年に起きたスペイン皇位継承戦争と関連する財政的な必要性により中断し、さらに、ヨーゼフ皇帝が突然亡くなったことでも、進展が止まりました。 

破壊された乗馬学校の再建についても、状況は同じでした。例外的に1729～1737年の間、ウィーン王宮の冬期用乗馬学校の建設を皇帝カール6世が命じたことで、ヨーゼフ・エマニュエル・フィッシャー・フォン・エルハラの計画に従い、関連施設が設けられました。 

シェーンブルンでは、皇帝の妻、ヴィルヘルミーネ・アマーリエにより、寡婦の住居として未完成の宮殿が利用されるようになり、その内部は、堂々とした馬の肖像画で飾られていました。それらの肖像画は、今日でも「馬の間 」と命名された部屋で見ることができます。